黑客帝国最后尼奥为什么结束了战争？

因为尼奥在和史密斯最后的决战中，成功的复制了史密斯的代码，然后进行了删除，因此成功的结束了战争。

在《黑客帝国3》中，尼奥借由救世主不分世界的超能力成功进入机械城市，但崔妮蒂在此牺牲。尼奥进入机器城市后，与身为机器首脑的机械主（其地位相当于诺斯底主义中的上帝，详见“缓和二元论”处）达成停战协议。而代价是尼奥必须进入矩阵，删除叛逃异变的强大病毒——史密斯。

经过一番苦战之后，尼奥败了，被史密斯所感染复制，但是也因此获得了史密斯的代码，从而成功将其清除，在最后一刻拯救了仅存的人类，还有被机器大军破坏殆尽的锡安城，机器世界与真实世界都获得了和平，人类从此可以选择生活在矩阵或现实世界，而造物主也承诺不愿生活在机器世界（母体）的人类将会获得自由。在最后，先知表示相信尼奥还会回来。